Metagenom araştırmaları, organize olmamış büyük genomik veri analizi üzerine kuruludur. Metagenom çalışmaları tıp, veterinerlik, gıda, çevre, ziraat, biyomedikal bilimlerine yürütülen araştırmalarını genişletecek potansiyele sahiptir. Hastalık ve sağlık durumlarında insan mikrobiyomunun rolü, hayvan ve bitkilerin kommensal mikrobiyomları ile ilişkileri, endüstriyel süreçlerde mikrobiyom etkinliği, biyoenerji üretebilen mikrobiyal toplulukların tasarımı, endüstriyel enzim keşfi, biyobelirteç ve metagenomik ilaç tasarımı gibi konular genel hatlarıyla metagenomik biliminin araştırma konularına dahil olmaktadır. Genkök Metagenomik Birimi, yeni nesil moleküler biyoloji ve biyoinformatik teknikleri doğrultusunda yeni nesil dizileme teknolojileri kullanan metagenomik çalışmalarını yürütmek üzere yapılanmış disiplinler arası bir birimdir.