Gürcan Grup
Çalışma gurubumuz Plum Pox Virüsü-konukçu ilişkisi üzerine yoğunlaşmıştır. PPV sert çekirdekli meyvelerin en önemli hastalığı olarak görülmektedir. 2006 da yapılan bir çalışmada 30 yılda 10 milyar dolar zarar oluşturduğu hesaplanmıştır. Birçok şehirde ekonomik bahçeler PPV nedeniyle sökülmektedir. Düzenli olarak virüsün Türkiye’de olan ırkları ve bu ırkların dağılımı, yayılışı takip edilmektedir. PPV ırkının Dünya’da 9 ırkı tespit edilmiştir. PPV-M ve D ırkı 70’lerin sonunda karakterize edilmiştir ve üzerine en çok çalışılan iki ırktır. M ırkı sadece Avrupa da rapor edilirken, D ırkı PPV’nin patlak verdiği her ülkede görülmüştür. T (Turkey) ırkı ise günümüze kadar sadece Türkiye tespit edilmiş bir ırktır. Cost-FA 806 aksiyonu altında yaptığımız proje kapsamında Türkiye’de M, D, T ve Rec ırklarının yayılış durumları tespit edilmekte, tüm genomları dizilenerek virüsde genetik varyasyon ve epidemoloji, RNA interferans ve bulaşıcı cDNA vektörleri kurularak Nicotiana Benthamiana bitkisinde virüse dayanıklılık çalışılmaktadır.
Mevcut / Güncel Projeler:
Plum Pox Virüs Bulaşıcı cDNA klon vektörlerinin geliştirilmesi (COST FA-806/ TUBİTAK)
Kayısıda SNP Moleküler Markırların Geliştirilmesi (Tarımsal Araştırmalar Genel Müdürlüğü)
RNA interferans Mekanizması ile Nicotiana Benthamiana’da Şarka Hastalığına Dayanıklılık Kazandırılması (Erciyes Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Birimi)
Yayınlar:
Takım Lideri:
Yrd. Doç. Dr. Kahraman Gürcan
Tel: 0 352 207 6666/ 13714
0 352 437 9315 / 13714
E-mail: kahramangurcan@gmail.com
Grup Üyeleri:
Maryam Ghaderi / Moleküler Biyoloji A.B.D (Doktora Öğrencisi)
E-mail: mghd8631@gmail.com
Doktora çalışmamda Plum Pox Virüs’ü Türkiye ırkının 3 gen bölgesini kapsayan 5 fragmanın RNAi ve gen susturma mekanizmasında ki rolünü çalışıyorum. Öncelikle, Kayseri’de bulunan doğal infeksiyon kaynakları moleküler ve serolojik yöntemlerle belirlendi. 5 Fragman Gateway gen transfromasyon tekniğine uygun olarak primer uçlarına attB1 and attB2 bölgeleri eklenerek RT-PCR ile rekombinant olarak çoğaltıldı. Rekombinant fragmanlar taşıyıcı vektör pDONR201 ve daha sonra pHELLSGATE12 transfer vektörüne aktarıldı. Bu vektör daha sonra Agrobacterium tumafacience’e eloktroporasyon yöntemi ile transfer edilip transgene bölgeler Nicotiana benthamiana bitkilerine bulaştırıldı. İlk aşamada 8 transgenik bitki elde edildi. Transgenik bitki sayısının arttırılması, inokülasyon çalışmaları, ve mikro RNA’ların ifadesi çalışılmaları devam ettirilmektedir.
Ahmet Ceylan / Moleküler Biyoloji A.B.D (Doktora Öğrencisi) ve ERÜ Biyoloji Bölümü Araştırma Görevlisi
E-mail: aceylan@erciyes.edu.tr
Doktora çalışmamın ana konusu PPV-T ırkında genetik varyasyonu belirlenmesidir. Bu amaç doğrultusunda Edirne’den, Kayseri’ye kadar olan birçok ilde PPV T ırkı izolatları toplanmış ve tüm genomları dizilenmektedir. PPV-T, sadece Türkiye’de tespit edilmiş ve günümüze kadar başka bir ülkede rapor edilmemiştir. Genetik varyasyonu üzerine bilgi oldukça sınırlıdır. 9700 bazdan oluşan PPV genomu, tek parçalı olup 10 genden oluşmaktadır. Ayrıca küçük bir gen olan PİPO geni, genomda overlap gen olarak yer almaktadır. PPV, Potivirus familyasının bir üyesidir. Bu familya tüm bitki hastalıklarının yaklaşık %20 sini oluşturmakta olup, genetik varyasyonun çok yoğun görüldüğü bir gruptur.
Necip Öcal / Moleküler Biyoloji A.B.D (Doktora Öğrencisi)
E-mail: necipocal@gmail.com
Doktora tez çalışmam, Şarka dayanıklılık lokusunun izolasyonu üzerine olup, bu amaçla harita temelli gen izolasyonu yaklaşımı kullanılacaktır. Hacıhaliloğlu kayısı çeşidinde BAC (Bacterial Artifical Library) kütüphaneleri kurulacaktır. BAC kütüphaneleri büyük fragmanların klonlanması ve harita temelli gen izolasyonunda önemli moleküler araçlardır. Kayısıda Şarka dayanıklılık geninin 1. Bağlantı Gurubu üst kolu üzerinde olduğu bilinmektedir. Ayrıca bu lokusla bağlantılı SSR primerleri keşfedilmiştir. Bu primerler kullanılarak BAC kütüphanesinde dayanıklılık lokusunu içeren kontigler izole edilecek, dizilenecek, biyoinformatik analizler ile aday genler belirlenecektir. Bu aday genlerde bulunan polimorfik lokuslar F1 popülasyonunda haritalanacaktır.
Cemile Temur Çınar / Bitki Koruma A.B.D (Doktora Öğrencisi) ve ERÜ Bitki Koruma Bölümü Araştırma Görevlisi
E-mail: cemiletemur@hotmail.com
İç Anadolu Bölgesi’nde sert çekirdekli meyve alanlarında verim azalmasına neden olan etmenlerden biri olarak göze çarpan Plum pox virus’ünün epidemiyolojisinde rol oynayan afid türlerinin ve hastalığın yayılmasındaki rollerinin saptanması ve Real-Time PCR’ın PPV çalışmaları için optimizasyonu üzerine çalışmaktayım.
Serap Comart / Moleküler Biyoloji A.B.D. (Yüksek Lisans Öğrencisi)
E-mail: serap_comart@hotmail.com
Yüksek lisans tezi olarak, Şarka Hastalığı Etmeni Olan Şarka Virüsünün (Plum Pox Virus) Enfektif (bulaşıcı) Komplementer DNA (cDNA) Vektörünün Geliştirilmesi üzerine çalışıyorum. Bu vektörler konukçu-virüs çalışmalarında, mutagenesis ve RNAi çalışmalarında, virüsün replikasyonu, uzun ve kısa mesafe hareketi, hastalık yapma mekanizmasının ortaya çıkarılmasında, bitkilere non-transgenik yöntemlerle gen aktarımında kullanılma potansiyelinde moleküler vektörlerdir. Oluşturulan cDNA vektörlerinin enfektif (bulaşıcı) olup olmama durumu Nicotiana benthamiana bitkisine bulaştırılarak tespit edilecektir.
Ahmet Say / Bahçe Bitkileri A.B.D. (Yüksek Lisans Öğrencisi) ve ERÜ Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü Araştırma Görevlisi
E-mail: ahmet_sy@windowslive.com
Kabakta (Cucurbita pepo L.) in vitro bitki rejenerasyon protokolunun optimizasyonu üzerine çalışmaktayım. Çalışmada kabakta genetik transformasyona imkan kılacak bir rejenerasyon protoklunun geliştirilmesi hedeflenmiştir. Kabak rejenerasyon protokolünü oluşturmak, diğer bir ifadeyle organogenesis ve sürgün oluşumu gerçekleştirmek için kabakta uygun eksplant tipi belirlenecek, büyümeyi düzenleyiciler ve farklı dozları çalışılmaktadır.
Ortaklar:
Prof. Dr. Kadriye Çağlar/ Mustafa Kemal Üniversitesi
Doç. Dr. Mikail Akbulut / Erciyes Üniversitesi
Doç. Dr. Kadir Uğurtan Yılmaz / Erciyes Üniversitesi