PROTEOM NEDİR?

Zaman, mekân, doku veya organizma düzeyinde proteinlerin yapı, fonksiyon ve etkileşimlerini inceleyen bilim dalına “proteomiks” denilmektedir. Proteom, genom tarafından sentezlenen peptit /protein tabanlı tüm gen ürünlerini kapsayan bir terim olup, genomun protein karşılığı olarak tanımlanmaktadır. Proteom, hücresel davranış ve fonksiyonları tanımlayan oldukça dinamik bir süreci ifade etmektedir. Proteinler hücre/organizmanın değişen içsel ve dışsal etkilere cevap olarak sürekli değişirler ve bu dinamik sürece ait kapsamlı bilgi ancak proteomik tekniklerle elde edilebilmektedir. Çeşitli uyaranlara (örneğin; parazitler/patojenler, sters, ilaç vb.) karşı geliştirilen cevabın incelenmesi, hastalık durumlarında ifade edilen ve biyomarker olarak kullanılabilecek proteinlerin belirlenmesi gibi reel durumlarda protein ekspresyon haritalarının oluşturulması sağlamaktadır. Protein-protein ilişkilerini çalışılması amacı ile de bu teknik yaygın şekilde tercih edilmektedir. Birbiri ile etkileşim halindeki proteinlerin belirlenmesi ile hücre içi ağda yer alan birçok süreç ve yolağın ortaya çıkarılması bu proteomik’in çıktıları arasında yer almaktadır. Ayrıca, immünoproteom teknolojisi, serolojik tekniklerle birlikte kullanılması kanser araştırmalarında tümöre özgül otoantijenlerin belirlenmesi, enfeksiyon hastalıkları ve patojenlerle ilgili araştırmalarda ise virulans faktörlerinin, antijenlerin, aşı ve ilaç adaylarının belirlenmesi, tanıya ve hastalığın seyrinin takibine olanak verecek marker keşfini/geliştirilmesini sağlamaktadır.

Proteomiksin araştırma konuları:

  • Proteinlerin ne zaman ve nerede ifade edildiği
  • Protein üretin oranı, yıkımı, stabil kalma oranı
  • Proteinlerin nasıl modifiye edildiği (post-translasyonal modifikasyonlar (PTM); fosforilasyon)
  • Proteinlerin hücre içi organellerde geçişi ve yer değişimi
  • Proteinlerin metabolik yolaklarla ilintisi
  • Proteinlerin birbiri ile ilintisi/etkileşimi
  • İmmünoproteom teknikleri ile aşı geliştirilmesi
  • Antikor karakaterizasyonu ve biyo-benzer IgG karakterizasyonu ve validasyonu

Proteomiks birçok biyolojik problemin çözümünde/açıklanabilmesinde önemli katkılar sağlar; bunlardan bazıları:

  • Proteinlerin hangi proteinlerle spesifik etkileşim halinde olduğunu (örneğin, tümör baskılayıcı protein p53)
  • Hücre içi organellerde sınırlı/görevli proteinler (subcellular lokalizyon; mitokondri)
  • Hangi proteinlerin biyolojik süreçler içinde yer aldığı (örneğin, yaşlanma)
  • Hangi proteinler sıcak/soğuk, tuz veya parazit gibi dışsal streslere karşı cevap vermede görev aldığı
  • Hangi proteinlerin mutasyonlardan etkilenir veya mutasyonal mekanizmalarda yol aldığı gibi.

Proteomiks çalışmalarda özünde yüksek verimli esasına dayalı, gelişmiş teknolojik enstrimantasyonla yapılabilmektedir. Laboratuvar ortamlı çalışmaların devamında jel tabanlı veya sıvı kromotografik enstrümantasyonlar ile peptit kütle analizine gidilmektedir. Genel hatları bir sıvı kromatografi cihazının bir kütle spektrometrisi cihazına bağlanmasıyla oluşturulan bütünleşik cihazlara (LC-MS veya MALDI-TOF gibi) analizler gerçekleşmektedir. Doğası gereği yüksek verimli teknolojiler yüklü miktarda veri üretmektedirler. Bu verilerin analizinde araştırmacıların elde ettikleri sonuçlarla veritabanlarında mevcut bilgiler arasında bağlantı kurmayı ve analizi olası kılan biyoinformatik tabanlı yaklaşımlar esas alınmaktadır.

GENKÖK PROTEOMİKS BİRİMİ

Mevcut / Güncel Projeler:

  • Acinetobacter baumannii‘nin dış yüzey proteomunun ve sekretomunun immunoproteomik analizi ve potansiyel koruyucu proteinlerinin bulunması” (TUBİTAK Proje No: 114S571)
  • Bordetella bronchiseptica‘nın immunoproteom analizi ve virulans faktörlerinin belirlenmesi” (ErU BAP Proje No FBD09-1033)
  • “Turunçgillerde DNA, RNA ve Protein Profillerinin Analizleri İle Çekirdeksizlik İle İlgili Markır Geliştirilmesi” (Gıda Tarım ve Hayvancılıık Bakanlığı TAGEM)
  • “Alpha Cell Mediated Beta Cell Generation” (Juvenile Diabetes Research Foundation (JDRF) – Proje No 17-2013-426)
  • “Alfa Beta T Hücre Azaltılmış Gamma Delta T Hücre ve NK Hücre Zenginleştirilmiş  Donör Lenfosit İnfüzyonu” (TÜBİTAK 1003 Programı Proje No 213S186)
  • Acinetobacter baumanii’nin Dış Yüzey Proteomunun ve Sekretomunun İmmunoproteomik Analizi ve Potansiyel Koruyucu Proteinlerin Bulunması” (TÜBİTAK 1001 Programı Proje No 114S571)
  • Sefamisin C ve klavulanik asit aşırı üreticisi S. clavuligerus türleri ile parental suşun karşılaştırmalı proteomik analizi (ÖDTÜ BAP)
  • Basilisin bloke edilmiş Bacillus subtilis suşuna ait sekretom değişikliklerinin dinamik analizi (ÖDTÜ BAP)

Yayınlar:

Takım Lideri: 

Doç. Dr. Servet Özcan

Doç. Dr. Servet Özcan

Doç. Dr. Servet Özcan

Tel: +90 352 437 9315/13615

+90 352 207 6666/ext 13615

E-mail: ozcan@erciyes.edu.tr

 

Grup Üyeleri:

DSCF2903

M. Burak Acar

Mustafa Burak Açar / Biyoloji Doktora Öğrencisi

Doç. Dr Servet ÖZCAN ve Prof. Dr. Umberto GALDERISI danışmanlığında yapmış olduğum yüksek lisans tez çalışmamda senesent Mezenkimal Kök Hücre sekretomunun farklı dokulara ait kanser hücre hatlarına etkileri üzerine çalıştım. Sekretomun kanseri hücrelerinin hangi biyolojik mekanizmalarını, ne ölçüde etkilediğini inceledim.

E-mail:  mbrkcr@gmail.com

 

DSCF2916

Eda Mert

Eda Mert / Kök Hücre Bilimler Yüksek Lisans Öğrencisi

Doç. Dr Servet ÖZCAN ve Prof. Dr. Umberto GALDERISI danışmanlığında ‘Metformin Uygulamasının Replikatif Senesent İnsan Mezenkimal Kök Hücrelere Etkisinin Gen İfadesi Düzeyinde İncelenmesi’ başlıklı tez çalışmama devam etmekteyim.

E-mail:  e.mrtt@hotmail.com

 

DSCF2900

Fatih Ömerli

Fatih Ömerli / Kök Hücre Bilimler Yüksek Lisans Öğrencisi

E-mail:  fatihomerli@gmail.com

 

 

 

Katkıda Bulunanlar:

DSCF2934

607A9211          DSCF2966
DSCF2948