Biyoinformatik, biyolojik verilerin bilgi kuramı ve teknolojileri kullanılarak anlamlandırılmasını ve yaşam üzerine çıkarım yapılmasını sağlayan disiplinler arası bir bilim dalıdır. Yaşam bilimleri ve hesaplamalı bilimlerin işbirliğinden oraya çıkan biyoinformatik, biyolojik verilerin elde edilmesinden, bu verilerin saklanması, iletilmesi, incelenmesi ve hipotetik çıkarımların yapılmasına değin tüm in silico süreçleri kapsamaktadır.

Genkök biyoinformatik birimi genomik, transkriptomik ve metagenomik düzeyde yüksek çıktılı omik teknoloji verilerini sistem düzeyinde inceleyecek hesaplamalı yöntemlerin araştırılması ve bu amaca yönelik yazılımların geliştirilmesi amacıyla

  • Tüm genom, ekzom ve metagenom analizi
  • Transkriptomik ve epigenetik inceleme
  • Metabolizma düzeyinde analiz ve fenotip çıkarımı
  • Büyük veri analitiği ve görselleştirme

genel konu başlıklarında faliyet göstermek üzere yapılanmıştır. Bu faliyet alanlarında yapılan araştırmalarda veri inceleme yaklaşımını sistem biyolojisi ve büyük veri düzeyine çıkarıp metabolomik, reaktomik ve fenotip seviyesinde inceleme ve bu hedefler doğrultusunda otomatik öğrenme ve veri analitiği gibi yeni nesil yaklaşımların araştırılması ve geliştirmesi birimin temel anlayışını oluşturmaktadır.

Mevcut / Güncel Projeler:

  • Yoğunbakım Ünitelerinde Mikrobiyom Bulaş Ağının Çıkarımı İçin Hesaplamalı Kaynak İzsürümü Yöntemlerinin Araştırılması ve Geliştirilmesi (TÜBİTAK 3501 programı, proje no 115E998)
  • Alzheimer Hastalığı ile İntestinal Mikrobiyomun Potansiyel İlişkisinin Metagenomik Analizlerle Değerlendirilmesi (TÜBİTAK 1001 programı, proje no 215S707)
  • Parkinson Demansinin Erken Teşhisinde Kullanilabilecek İnvaziv Olmayan, Yenilikçi Ve Kombinatoryal Biyobelirteçler (TÜBİTAK 1003 programı, proje no 315S301)
  • Hastane ve kentsel atık/arıtılmış su metagenomunda de novo mikrobiyal çeşitlilik rezistom virülom ve mobilom analizlerinin yapılması (Erü BAP, proje no: TCD-2016-6041)
  • Yeni doğan Genetik Check-Up (Avrupa Birliği Katılım Öncesi Mali Yardım Programı)

Yayınlar:

Taheri S, Tanriverdi T, Zararsiz G, Elbuken G, Ulutabanca H, Karaca Z, Selcuklu A, Unluhizarci K, Tanriverdi K, Kelestimur F (2016) Circulating microRNAs as Potential Biomarkers for Traumatic Brain Injury – Induced Hypopitutarism Journal of Neurotrauma Online Ahead of Print March 30, 2016 DOI: 10.1089/neu.2015.4281

Bakir Y, Eldem V, Zararsiz G, Unver T (2016) Global transcriptome analysis reveals significant differences in gene expression patterns between the non-hyperhydric and hyperhydric leaves of Prunus persica  Plant Genome July 2016: Vol 9 No 2 DOI 10.3835/plantgenome2015.09.0080

Sener EF, Cikili Uytun M, Korkmaz K, Zararsiz G, Oztop DB, Canatan H, Ozkul Y (2016) The roles of CC2D1A and HTR1A gene expressions in autism spectrum disorders Metab Brain Dis Jun;31(3):613-9 DOI 10.1007/s11011-016-9795-0 

Taheri S, Zararsiz G, Karaburgu S, Borlu M,Ozgun T, Karaca Z, Tanriverdi F, Dundar M, Kelestimur F, Unluhizarci K (2015) Is Idiopathic Hirsutism Really Idiopathic? mRNA Expressions of Skin Steroidogenic Enzymes in Women with Idiopathic Hirsutism”, Eur J Endocrinol Oct;173(4):447-54 DOI 10.1530/EJE-15-0460 

Eldem V, Zararsiz G, Erkan M, Bakir Y (2015) De novo assembly and comprehensive characterization of the skeletal muscle transcriptomes of the European Anchovy (Engraulis encrasicolus) Marine Genomics Apr;20:7-9. doi: 10.1016/j.margen.2015.01.001

Grup Lideri:

Yrd. Doç. Dr. Özkan Ufuk Nalbantoğlu

E-mail:  nalbantoglu@erciyes.edu.tr

Grup Üyeleri:

Yrd. Doç. Dr. Gökmen Zararsız

E-mail: gokmenzararsiz@erciyes.edu.tr

Ahmet Raşit Öztürk

Öğr. Gör. Ahmet Raşit Öztürk

Öğr. Gör. Ahmet Raşit Öztürk

E-mail: ahmetrasit@gmail.com

 

 

 

Osman Türkyılmaz/  Biyoinformatik Sistemler Biyolojisi Yüksek Lisans Öğrencisi

E-mail: osmanturkyilmazz@gmail.com

Katkıda bulunanlar:

Prof. Dr. Khalid Sayood/ University of Nebraska-Lincoln, ABD