• Home
  • Biyoinformatik Birimi

Biyoinformatik Birimi

Biyoinformatik, biyolojik verilerin bilgi kuramı ve teknolojileri kullanılarak anlamlandırılmasını ve yaşam üzerine çıkarım yapılmasını sağlayan disiplinler arası bir bilim dalıdır. Yaşam bilimleri ve hesaplamalı bilimlerin işbirliğinden oraya çıkan biyoinformatik, biyolojik verilerin elde edilmesinden, bu verilerin saklanması, iletilmesi, incelenmesi ve hipotetik çıkarımların yapılmasına değin tüm in silico süreçleri kapsamaktadır.

Genkök biyoinformatik birimi genomik, transkriptomik ve metagenomik düzeyde yüksek çıktılı omik teknoloji verilerini sistem düzeyinde inceleyecek hesaplamalı yöntemlerin araştırılması ve bu amaca yönelik yazılımların geliştirilmesi amacıyla

  • Tüm genom, ekzom ve metagenom analizi
  • Transkriptomik ve epigenetik inceleme
  • Metabolizma düzeyinde analiz ve fenotip çıkarımı
  • Büyük veri analitiği ve görselleştirme

genel konu başlıklarında faliyet göstermek üzere yapılanmıştır. Bu faliyet alanlarında yapılan araştırmalarda veri inceleme yaklaşımını sistem biyolojisi ve büyük veri düzeyine çıkarıp metabolomik, reaktomik ve fenotip seviyesinde inceleme ve bu hedefler doğrultusunda otomatik öğrenme ve veri analitiği gibi yeni nesil yaklaşımların araştırılması ve geliştirmesi birimin temel anlayışını oluşturmaktadır.

Mevcut / Güncel Projeler:

  • Yoğunbakım Ünitelerinde Mikrobiyom Bulaş Ağının Çıkarımı İçin Hesaplamalı Kaynak İzsürümü Yöntemlerinin Araştırılması ve Geliştirilmesi (TÜBİTAK 3501 programı, proje no 115E998)
  • Alzheimer Hastalığı ile İntestinal Mikrobiyomun Potansiyel İlişkisinin Metagenomik Analizlerle Değerlendirilmesi (TÜBİTAK 1001 programı, proje no 215S707)
  • Parkinson Demansinin Erken Teşhisinde Kullanilabilecek İnvaziv Olmayan, Yenilikçi Ve Kombinatoryal Biyobelirteçler (TÜBİTAK 1003 programı, proje no 315S301)
  • Hastane ve kentsel atık/arıtılmış su metagenomunda de novo mikrobiyal çeşitlilik rezistom virülom ve mobilom analizlerinin yapılması (Erü BAP, proje no: TCD-2016-6041)
  • Nanogözenek DNA Dizilemesi İle Hızlı Patojen Tanıma Yapabilen Algoritmaların Geliştirilmesi (TÜBITAK Projesi, proje no. 116S083)
  • Systems Biological Modeling of Pathogen-Host Interactome-Immunome (NRI Systems Science Award, proje no. 201711)

Patentler:

Classification of nucleotide sequences by latent semantic analysis (2017), Patent No: US9659145 B2 Patent Başvuru Sahipleri : Khalid Sayood,Sam Way,Özkan Ufuk Nalbantoğlu,George Garrity, Patent Buluş Sahipleri : Khalid Sayood,Sam Way,Özkan Ufuk Nalbantoğlu,George Garrity

Yayınlar:

Larson M.A., Nalbantoğlu Ö.U., Sayood K., Zentz E.B., Cer R.Z., Iwen P.C., et al. (2016) Reclassification of Wolbachia persica as Francisella persica comb. nov and emended description of the family Francisellaceae International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology Vol.66, pp.1200-1205 DOI: 10.1099/ijsem.0.000855

Yıldız, İ. Doğan,F. Doğruman Al, Ö.U. Nalbantoğlu, D. Üstek ,F. Sarzhanov, S. Yıldırım (2016) Association of enteric protist Blastocystis spp and gut microbiota with hepatic encephalopathy Journal of Gastrointestinal and Liver Diseases 25(4)

Larson M.A., Nalbantoğlu Ö.U., Sayood K., Zentz E.B., Bartling A.M., Francesconi S.C., et al.(2015) Francisella tularensis Subtype A.II Genomic Plasticity in Comparison with Subtype A.I Plos One Vol.10 doi: 10.1371/journal.pone.0124906. eCollection 2014

Nalbantoğlu Ö.U., Cakar A., Dogan H., Abaci N., Ustek D., Sayood K., Can H. (2014) Metagenomic Analysis of the Microbial Community In Kefir Grains Food Microbiology Vol.41, pp.42-51 doi: 10.1016/j.fm.2014.01.014. Epub 2014 Feb 1.

Gündoğdu A., Nalbantoğlu Ö.U. (2017) Human genome-microbiome interaction: metagenomics frontiers for the aetiopathology of autoimmune diseases Microbial Genomics Vol.2017/3, pp.1-5, 2017 Published online 2017 Apr 26. doi:  10.1099/mgen.0.000112

Gündoğdu A., Nalbantoğlu Ö.U. (2016) Humans as a source of colistin resistance: In silico analysis of public metagenomes for the mcr-1 gene in the gut microbiome Erciyes Tip Dergisi Vol.38, pp.59-61 doi 10.5152/etd.2016.0012

Grup Lideri:

Yrd. Doç. Dr. Özkan Ufuk Nalbantoğlu

E-mail:  nalbantoglu@erciyes.edu.tr

Grup Üyeleri:

Yrd. Doç. Dr. Aycan Gundoğdu / Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji

E-mail:  agundogdu@erciyes.edu.tr

Kübra Yalçın / Biyoinformatik Yüksek Lisans Öğrencisi

E-mail:  yalcin.kub@gmail.com

Mehmet Hora / Mikrobiyoloji Yüksek Lisans Öğrencisi

E-mail:  mhmthora@gmail.com

Gülfem Elgün / Bilgisayar Mühendislik Yüksek Lisans Öğrencisi

E-mail:  gulfemelgun@gmail.com

Samed Saka / Biyoinformatik Yüksek Lisans Öğrencisi

E-mail:  sakasamed@outlook.com

Katkıda bulunanlar:

Prof. Dr. Khalid Sayood/ University of Nebraska-Lincoln, ABD